故事設定在夜神月與L對決十年之後，世界上發生死亡筆記大量殺人事件，日本死亡筆記對策總部特別小隊查出世界上共有六冊死亡筆記，圍繞這六冊死亡筆記，全世界被卷入終極頭腦戰。