上回說到尼奧終於意識到自己的能力和使命，在中彈“復活”的同時，他也變成了無所不能“救世主”。結尾的“飛升”象征著人類超級英雄的誕生：尼奧將帶領錫安基地的人民，打響對機器世界的反擊戰，並將以勝利者的姿態結束這場戰鬥，還人類以自由之身。 實際上，整個《黑客帝國2：重裝上陣》是尼奧探尋自己使命背後真相的過程，他要為自己的行動尋找一個可以接受的理由。在上集打敗密探史密斯、救出墨菲斯之後，尼奧隨同親密愛人崔妮蒂和其他戰友一起，乘坐Nebuchadnezzar號飛船返回地球上最後一個人類據點——錫安基地。在那裡，他們和其他自由戰士們聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奧比美眉。另外，基地的政治家們也上場了。 就在這時，矩陣系統決定“先下手為強”，派遣了為數250000的電子烏賊大軍，開始進攻錫安基地，積弱的基地防守力量根本不足以對抗如此強大的機甲兵團，看來人類最後的香火也岌岌可危；當然，墨菲斯他們的飛船上有各種各樣的資料，自然少不了中國那幾本名為《左傳》《史記》之類古籍的電子版本，尼奧他們一下便想到了“圍魏救趙”的良策，決定再次潛入矩陣，從內部破壞它，最後達到消滅機甲兵團的目的。