接上一集，「K探員」（湯米·李·瓊斯飾演）清洗記憶，退休到美國新澤西州一個小鎮郵局工作，而「J探員」（威爾·史密斯飾演）則接手了「K」的工作，但是麻煩總會自找上門，邪惡的卡洛瑟星邪惡女王瑟琳娜（羅拉·弗琳·鮑兒飾演）來到地球，以劫持MIB總局的全部人，要交出能統治宇宙萬物的宇宙能量「薩塔之光」，「J」在無意中查出，原來這件事曾經在地球上發生過一次，而且當時接手的正是「K」，於是「J」不得不找回「K」，並讓其恢復記憶，重新保護地球免被外星人侵犯。