三年後，此時愛麗絲已是遊歷四方，深入中國探險的女船長，但好友瘋狂帽客卻面臨死亡威脅！愛麗絲必須從自大傲慢的時光怪客手上，偷走能回到過去的時空轉移球，找到帽客生病的症結，改變過去的歷史，卻意外發現紅白皇后的童年秘密，原來，兩人也曾經是好姊妹，直到看似溫柔婉約的白皇后，做了不可告人的舉動，讓紅皇后大受打擊，從此性情大變…… 目睹這一切的愛麗絲，想透過時空轉移球的能力，回到一切發生的起點，改變魔境世界的命運。但是，一旦時空轉移球離開時光怪客手中，魔境也會步向毀滅，愛麗絲究竟該如何是好？