《蠟筆小新》的第30部電影版，揭開主人公「野原新之助」身世之謎！小新在野原家度過五年如雲霄飛車般刺激卻又和平的每一天，某天，一名自稱屁祖隱千代女的女性來到了野原家，她告訴廣志跟美冴：「其實我是新之助真正的母親。」，而她身旁站著一位名叫珍藏的5歲少年。 千代女的一席話讓野原一家十分困惑，但也不能將他們趕回去，只好讓他們兩個留下來過夜。 那天晚上，神秘的忍者軍團突然襲擊了野原家！原來千代女是從忍者村逃出來的女忍者， 正被人追捕中！忍者軍團認為小新是她的兒子，所以也將小新一起抓走了…。 在忍者村，有個封印著地球能量的「地球肚臍」，屁祖隱家以代代相傳的「幽靈之術」，用純金的塞子塞住它，一直守護著它。要是塞子掉了，地球能量就會外洩，導致地球枯萎，停止自轉，這樣世界就再也無法迎接明日了！野原一家、屁祖隱一家與春日部防衛隊的成員們將共同找到解方，並迎接下一個屬於眾人的明日。