U。C。0097——。名為「拉普拉斯事變」的動亂，讓「拉普拉斯之盒」公諸於世後，已過了一年。「獨角獸鋼彈」的兩架MS，發揮人類智慧所不及的能力，被視為具有危險性而遭到封存。兩年前下落不明，從歷史上被抹去的RX－0獨角獸鋼彈3號機，突然出現。這場鳳凰爭奪戰，牽涉到地球聯邦軍和「帶袖的」，還有跟亞納海姆電子企業關係匪淺的大企業‧羅商會也介入其中。他們投入新的MS「NT鋼彈」，其真正的目的究竟是……。