在與恩茲華斯的激烈戰鬥之後，眾人獲得了短暫的喘息空間。伊莉雅一行人在救出美遊之後，從平行世界的衛宮士郎口中得知美遊的過去，以及在這個世界中發動的「聖杯戰爭」。

那不僅僅只是美遊的悲慘命運，更是哥哥士郎為了美遊而賭上性命，進行一場壯烈戰鬥的偉大故事。為了拯救人類，恩茲華斯決定犧牲美遊。為了保護美遊，士郎不惜與世界以及恩茲華斯為敵。面對相互對立的兩種正義…，伊莉雅立誓要找出方法，守護這一切！

為了創造能與夥伴共同歡笑的未來，魔法少女們的戰鬥將再次展開。