以架空的地球做為舞台，描述人類在某日遭受到外星人的襲擊，而日本的航空自衛隊在陷入危機時，被一群有著人類面容的傳說生物拯救。因為這件事而被認識的牠們，被稱做「境界人」受到監視著。數年後，在 202X 年的澀宿發生了難以解釋的現象，而主角也因此受邀加入了組織「MARGINAL SERVICE」。在這組織中有著各式各樣的人們，他們將為了取締境界人的犯罪而持續活躍著。